На территории национального парка выявлены редкие и особо ценные растительные сообщества (Крестов, Верхолат, 2003), а также водные объекты и особоценные редкие животные. Ниже помещён приблизительный перечень редких и особо ценных природных объектов территории национального парка.

Каменноберезняки (Betula lanata)

Распространены на Дальнем Востоке, образуют фрагментарный, неясно выраженный пояс, приуроченный к участкам скопления снега. На территории национального парка находятся на границе ареала, встречаются парковые березняки кедровостланиковые вейниковые и зеленомошные.

Регионально редкие сообщества с узкой экологической амплитудой. Ограниченный ареал естественных каменноберезняков в Приморье и Приамурье.

Ельники с каменной березой (Betula lanata)

Распространены внутри всего ареала ели аянской, на территории национального парка только в верхней части лесного пояса на высотах, превышающих отметку 1200-1400 м на склонах преимущественно восточной и юго-восточной экспозиции. На территории исследования находятся на границе ареала. На территории исследования встречаются кедровостланиковые и зеленомошные.

Регионально редкие сообщества и узкой экологической амплитудой. Ограниченный ареал, значимость – как компонента верхней границы леса.

Ельники из ели аянской (Picea ajanensis)

Широко распространены на юге Дальнего Востока, на территории национального парка – на западной границе ареала, формируются в узком диапазоне экологических факторов. На территории парка встречаются кедровостланиковые редколесья, разнотравно-бруснично-зеленомошные, зеленомошные аянскоеловые леса.

Распространены на краю ареала.

Сердцелистноивовый разнотравный лес (Salix cardiophylla — Calamagrostis langsdorffii + Rubus arcticus + Galium boreale).

Широко распространены на юге Дальнего Востока, на территории национального парка – на западной границе ареала. Сообщества занимают низкие пойменные террасы горных рек, сложенные крупной галькой кислых пород.

Сообщества крайне редки, находятся на северо-западной границе ареала ивы сердцелистной и на относительно высоких для нее гипсометрических отметках. Salix cardiophylla занесена в Красную книгу Pеспублики Cаха (Якутия) (2000).

Кустарничково-лишайниковые тундры (на карбонатных породах)

Компонент континентальной восточносибирской высокогорной растительности на восточной границе ареала, не имеющей аналогов за пределами Восточной Сибири. Приурочены к обдуваемым плоским вершинам и склонам разных экспозиций и крутизны на пенепленах, сложенных карбонатными породами; являются местообитаниями редких, эндемичных и реликтовых видов. Из редких и охраняемых видов встречаются: Rhododendron adamsii, Saussurea schanginiana, Artemisia furcata, Erigeron eriocephalus, Papaver nivale, Potentilla biflora, Dicentra peregrina, Paraquilegia microphylla.

Сообщества крайне редки, являются местообитанием редких и охраняемых видов.

Геологический разрез. В 400 м выше устья р. Инарогды, правого притока р. Ток, на левом склоне её долины был вскрыт и описан разрез аллювия, заключенного между гранитами и базальтами под полуметровым плащом обломочно-глыбового делювия базальтов (Готванский, Сальникова, 1977). В основании разреза биотит-роговообманковые граниты с дресвяно-щебнисто-глинистой корой выветривания мощностью 4-5 м. На её размытой поверхности в пределах высот 50-54,5 м над урезом реки залегает древний аллювий. В его основании крупногалечниковый с валунами и промытым разнозернистым с гравием песком горизонт мощностью 1,2 м. Петрографический состав галек и валунов разнообразен, но без базальтов. Выше залегает обломочно-щебнистый с редкой галькой и разнозернистым песком оглиненный горизонт мощностью 0,7 м. На нём залегает 1,5 м толща песков с линзами мелких галечников. Выше – трехметровая толща дресвяно-щебнистая с остроугольными обломками базальтов. На ней выделяется пятиметровая толща шаровидных базальтов, сменяющаяся выше базальтами столбчатой отдельности, слагающих обрыв высотой более 30 м. Под ним – осыпи, бронирующие весь склон до самого уреза реки. Образцы из погребенного аллювия содержали спорово-пыльцевой спектр, по определению палинолога Л.Л. Казачихиной отнесённый к плиоцену.

Минивулкан на главном водоразделе двух океанов над озером в истоке р. Большая Туксани с запада и над рекой Зеей – с востока в окружении мелководного озера. Он возвышается на 20 м, сложен из базальтовых глыб. Окрестности же озера сложены гранитоидами и гнейсами. В трещинах в базальтовом конусе на вершине вулкана сохранились гранитные и гнейсовые гальки и валуны. Очевидно, они были принесены последним ледником.

Озеро Оконон.Его образованиесвязано с вулканической деятельностью на юго-восточной окраине вулканогенного плато. Озеро заполняет грабен в зоне разлома, проходящего вдоль северной окраины гранитного массива высотой более 1600 м. Площадь озера около 100 га. Почти половина акватории озера вписана заливом в этот массив. По данным Н.И. Прохорова (1912) его глубина достигает 27 сажен (около 55 м), очевидно вблизи горного массива. Его северо-западная часть мелкая, плавно переходящая в плоский берег, сливающийся с поверхностью плато. Тремя руслами из озера вытекает ручей, лишь вблизи р. Малый Оконон, прорезавший долину, на 20-30 м врезанную в плато.

Каровые озера многочисленны на Токинском Становике благодаря горно-долинным оледенениям. В истоках р. Ивак в крутосклонном каре лежит озеро, названное Оком. Так оно выглядит из узкой расщелины на главном водоразделе, оживляя скалистый окружающий мир. Во многих карах на берегах озер поселяются ельники на самой верхней границе леса, с г. Останец на северном отроге горы Аюмкан на абсолютной высоте 2100 м, напоминающий голову. Его высота около 20 м. Возможно, это отпрепарированная денудацией дайка гранитов среди гнейсов. Большой интерес, в том числе научный, и привлекательность этот объект вызывает потому, что не вписывается в общую картину окружающих заостренных гребней и вершин.

Лавовое плато в верховьях долины Большой Туксани. Оно образовано 10 м покровом базальтов размерами около гектара. На его уплощенной поверхности встречаются глыбы гранитов и гнейсов, принесенные ледником из соседнего кара. Здесь островки паркового лиственничника кустарничкового чередуются с прогалинами кустарничково-лишайниковой тундры.

Река Ток. Эта река издавна привлекала к себе внимание,как самым неукротимым потоком, так и долиной, дикой и трудно доступной, первородной. Высшую категорию сложности дали ей туристы – знатоки сплавов по рекам. Геологи прошли здесь, описывая свежие скальные обнажения, будто только что вскрытое нутро гор. Террасы ещё формируются, потому на них поселились валуны, приносимые паводками, и глыбы со склонов. А вода – чистая, но её состав химический до сих пор не определён.

Водопады. Были бы они все мелкими, на порогах русел, если бы не оледенения, родившие кары и цирки, в которых залегли озера, дающие избыточный сток верховьям рек. Есть водопады и без озер. Из цирков Зеи и Аюмкана обрушиваются водопады по скалистым стенам или ступеням высотой до 10-20 м. На верхней Зее второй водопад ниже цирка сливается, прорезав ригель – скалистый гребень поперек долины.

Снежный баран. Вид занесен в Красные книги Амурской области, Хабаровского края, Саха (Якутия), требует наиболее пристального внимания. В Амурской области около 60 % территории заселённой снежными баранами расположено в пределах национального парка «Токинско-Становой». Высокогорный рельеф, чередование скальных участков с обширными задернованными склонами, малоснежная зима, сильные ветра, сдувающие снег с зимних пастбищ, отсутствие фактора беспокойства – все это создает на территории национального парка оптимальные условия для обитания этого вида.

Места обитания черношапочного сурка обнаружены в истоках р. Б. Оконон. До сих пор сурки этого вида были известны на Джугджуре, Верхоянском хребте и в Забайкалье.